Şöyle olmaz mı tüm sayfalar zaten main içinde swict le listeleniyor sadece indexte diğer sayfaların clas isimleriyle maniple etsem bu mantığı denedim ama çalışmıyor her sayfanın içine js kodu gömmek istemiyorum

css ile bir mod degiskeni ve renk paleti tanimla. tarayicida sadece modun adini veya id degerini sakla, css de tanimli bu degiskenleri js ile manipule et. bu kadar. ornek bir calisma da inceleyebilirsin codepen gibi bi platform da "dark mode" aramasi yaparak.

Ayrıca sorun hatırlama işi değil diğer sayfalarda çalışmıyor anasayfa da çalışıyor

Localstroge u js ile kullandım php ile değil bu işi dinamik olarak yapıyorum

Php'yi sadece api olarak kullanmadığını düşünüyorum. localStorage kullanmana gerek yok php içerisinde session ($_SESSION) kullanıp data saklayabilir ve js içerisinde istediğin datayı kullandırtabilirsin