Değişen link yapısı seo altında htaccess dosyanda da varsa sorun olacağını sanmam. Ama yinede düz yani basit düşün bence çünkü sonradan değişiklik yapmak zor olabilir.

Selamlar,

Javascript ile URL değiştirmekten kastın nedir tam olarak anlamadım? Ama URL'in kullanıcı için çok önemi yoktur. Önemli olduğu nokta SEO işlemlerinde öne çıkar.