Öyle bir program var mıdır bilmiyorum ama filezilla da her seferinde şifreleri ayrı ayrı girmenize gerek yok. Ftp hesaplarını ayrı ayrı kaydedin, iki hesabı da ayrı sekmelerde açın ikisi de aynı anda açık dursun. Her ikisi için de dosyaları aynı anda upload edin
Ve ayriyeten eğer IDE olarak PhpStorm kullanıyorsanız (diğer IDE ler için de olabilir bilmiyorum) bunun için özel ayarlamalar yapabilirsiniz. Phpstorm ftp upload multiple host same time gibi bir arama yaparsanız sonuçlar çıkacaktır