Merhaba,

Soruyu çok anlamamak ile birlikte, shop_contract ve shop_product ile sales_contract ve sales_product sütunları aynı olan verileri sales_id lerine göre gruplayarak shop_quantity verilerinin toplandığı bir geçici tablo oluşturdum.
Sonrasında iste bu tabloya göre sales tablosundaki verileri güncelledim. Kodu aşağıya bıraktım.

CREATE TEMPORARY TABLE y
    SELECT sales.sales_id AS sales_id, SUM(shops.shop_quantity) AS toplam
        FROM shops
        INNER JOIN sales
        ON
            shops.shop_contract = sales.sales_contract &&
            shops.shop_product = sales.sales_product
        GROUP BY sales.sales_id;

UPDATE sales JOIN y ON (sales.sales_id = y.sales_id)
    SET sales.sales_quantity = y.toplam;

DROP TABLE y;

Umarım yardımcı olmuştur.