senin yaklaşımın hatalı. yapacağın şey aslında bir css değişkeni oluşturmak.

:root {
    --primary-color: red;
}

ve diyelim ki bu oluşturduğun rengi scroll'un rengi olarak ayarlamak istedin;

::-webkit-scrollbar {
    width: 5px;
    height: 5px;
}

::-webkit-scrollbar-track {
    background: transparent;
}

::-webkit-scrollbar-thumb {
    background-color: var(--primary-color);
    width: 4px;
    height: 4px;
}

ve istiyorsun ki bunu javascript tarafında seçtiğim renk ile değiştireyim.

<input type="color" id="colorpicker">

<script>
    $('#colorpicker').on('input', function(e) {
        $(':root').css('--primary-color', $(this).val());
    });
</script>

sonuç: https://codepen.io/tayfunerbilen/pen/eYvwYNB