Merhaba, ilk olarak söylediğin sorunun tam olarak bir cevabı bulunmuyor. Senin projenin gereksinimlerine göre senin zaten mimari yapını belirlemen gerekiyor. Örnek vermek gerekirse. Veri Tabanı Modellemelerini bir yerde, HTML kodlarını bir yerde, Business Logic kodlamalarını belirli bir yerde kullanacaksan şayet. Bu durumda en yaygın Pattern MVC olarak göze çarpıyor. Yok sen Mesajlaşma uygulaması gibi bir uygulama yazacaksan Observer çok daha önem arzediyor. Bunun gibi ilk olarak yapının hangi mimariye daha uygun olduğunu belirleyip üzerinde çalışma yapman daha doğru olur. Mesela bir de şu da bir örnek teşkil etsin sana. Ben MVC kullanmak istiyorum ama bu modülleri birbirlerinden ayırmak o kadar kolay olsun ki dersen ve bir modülü ekleyip çıkarttığında kafam rahat olsun dersen HMVC (Hiyerarşik MVC) gibi bir mimari kullanmak gerekir. Yani sorunun özetle cevabı bu tamamen projeye bağlı :)