O zaman şöyle düşünelim.

Sistemimiz içinde "/templates" klasörü olsun.

$kullanici_tema = $db->prepare("SELECT `tema` FROM `kullanicilar` WHERE `id` = :id");
$kullanici_tema->execute([":id" => 1]);
$kullanici_tema = $kullanici_tema->fetch();
$kullanici_tema = $kullanici_tema["tema"];
// darktheme değeri döndürdüğünü varsayalım

bu sorgudan gelen "$kullanici_tema" değişkeni değerinin /templates klasöründen uyuştuğu stil dosyasını sayfamıza entegre edelim.

<link rel="stylesheet" href="//domain.com/templates/<?php echo $kullanici_tema; ?>.css"/>

gelen stil dosyası da sitemizdeki şablonları değiştirsin. Çok kabataslak bir fikir bu ama zannediyorum ki böyle birşey yapmak istiyorsunuz.