İlk fonksiyonda eksik yazmışım gibi görünüyor.
Bu yüzden hiyerarşi düzgün oluşamamış.
else içindeki 'yorum_id' kısmını 'ust_yorum_id' olarak düzelttim:

$yorumlar = tumYorumlar($mak_id);
$duzenlenmisYorumlar = [];
foreach($yorumlar as $yorum) {
    // Baktığımız yorumun üst yorumu yoksa, ana yorum olarak eklensin.
    if($yorum['ust_yorum_id'] === 0) {
      $duzenlenmisYorumlar[ 'yorum_'.$yorum['yorum_id'] ] = ['yorum'=>$yorum, 'alt_yorumlar'=>[]];
    }
    // Baktığımız yorumun üst yorumu varsa, o yorumun alt yorumu olarak eklensin
    else {
      $duzenlenmisYorumlar[ 'yorum_'.$yorum['ust_yorum_id'] ]['alt_yorumlar'][] = $yorum;
    }
}

Ayrıca ikinci foreach içinde de patlama ihtimalini engellemek gerek.

<?php foreach($duzenlenmisYorumlar as $key=>$data) { ?>
    <?php if(!isset($data['yorum'])) continue; ?>
    <div class="ana_yorum" data-key="<?= $key ?>">
        <div><?= $data['yorum']['yorum_adi'] ?></div>
        <div><?= $data['yorum']['yorum_icerik'] ?></div>
        <a href="#" class="mt-2" data-ust-yorum-id="<?= $data['yorum_id'] ?>">Cevapla</a>
        <?php foreach($data['alt_yorumlar'] as $altYorum) { ?>
            <div class="cevap_yorum">
                <div><?= $altYorum['yorum_adi'] ?></div>
                <div><?= $altYorum['yorum_icerik'] ?></div>
                <a href="#" class="mt-2" data-ust-yorum-id="<?= $data['yorum_id'] ?>">Cevapla</a>
            </div>
        <?php } ?>
    </div>
<?php } ?>

Not: Bu sistem, yazılan bir ana yorum altına cevaplar eklenmesini sağlar.
Ama yoruma verilen cevaba verilen cevap şeklinde düzen oluşturmaz.
Bu nedenle verilen cevaplar her zaman ust_yorum_id'ye bakılarak yapılmalı.
O yüzden belki değiştirip kullanabilmeniz için <a> taglarınıza, üst yorum id'lerini bir attribute olarak ekledim.

Eğer çalışmazsa, showVar() fonksiyonu ile yeniden $duzenlenmisYorumlar dizisine bakabiliriz.