jquery click() methodu çalıştığı anda sayfada bulunan etiketlere tetikleyici atar.
Sonradan eklenenler etkilenmez click() methodunun tekrar çalışması lazım.
Yalnız sadece son eklenen etiketin seçilip çalışması lazım.
Senin örneğini ele alalım, her yeni eklenen etiketten sonra click() methodu tekrar çalışırsa eski etiketlere de ek tetikleyici atanır.
Ve ne kadar kullanırsan o kadar artar.
Her tıkladığında kaç tane yeni etiket oluştu ise o kadar da fonksiyon çalışır.

Ya da @sefaaydin adlı arkadaşımızın önerisi gibi kullanman gerekiyor. Yine de ben iki tane örnek bırakıyorum. Belki ilerde lazım olur.

<button onclick="ekle(2)">Ekle</button>
<table id="table1">
    <thead>
        <tr>
            <th>Programlama Dilleri</th>
            <th>Sil</th>
        </tr>
    </thead>
    <tbody>
        <tr>
            <td>Javascript</td>
            <td><button type="button" onclick="sil(1)" data-id="1" class="delete">Sil</button></td>
        </tr>
    </tbody>
</table>

function ekle(id) {
	// Jquery az kod çok iş mantığı ile iç içe kullanacağın etiketleri sadece açmak yetiyor. Kapatmana gerek yok bilgin olsun.
	let tr = `<tr>`
	tr += `<td>Php`
	tr += `<td><button onclick="sil(${id})" data-id="${id}" type="button" class="delete">Sil`

$("#table1 > tbody").append(tr) // Satır eklenir
  .find("tr") // Satırlar bulunur
  .last() // son satır seçilir
  .find(".delete") // son satırdaki .delete sınıfına sahip etiket bulunur
  .on("click", (e)=>{  // tetikleyici ve fonksiyonu eklenir
      console.log(e.target.dataset["id"])
      console.log($(e.target).data("id")) // jquery kullanmak istersen
  })
}

Diğer bir seçenek de etiket içinde eklemek.

function ekle(id) {
	let tr = `<tr>`
	tr += `<td>Php`
	tr += `<td><button onclick="sil(${id})" data-id="${id}" type="button" class="delete">Sil`
	$("#table1 > tbody").append(tr)
}
function sil(id) {
    console.log(id)
}