5 tane seçildiği zaman diğerlerini gizletebilirsin.
Veya gizlemek yerine label etiketlerini style="pointer-events:none" yapabilirsin.

$("#wrapper > div").on("change", ()=>{
    $label = $("#wrapper > div > label")
    $inpChecked = $("#wrapper > div > label > input[type=checkbox]:checked")
    if($inpChecked.length == 5) {
        $label.find("input[type=checkbox]").each((i,ch)=>{
        if($(ch).prop("checked") === false) {
            $(ch).parent().hide(); // seçenek 1
            $(ch).parent().css("pointer-events","none") // seçenek 2
        }
    })
    } else {
        $label.show() // seçenek 1
        $label.css("pointer-events","") // seçenek 2
    }
})

Neyse daha az kod ile bir şekilde çözdüğümü düşünüyorum. Yine de önerilere açığım.

let data = [
    {gmKod: "600.18", tutar:1000, tip:"A"},
    {gmKod: "391.18", tutar:180, tip:"A"},
    {gmKod: "600.18", tutar:500, tip:"A"},
    {gmKod: "391.18", tutar:90, tip:"A"},
    {gmKod: "600.08", tutar:500, tip:"A"},
    {gmKod: "391.08", tutar:40, tip:"A"},
    {gmKod: "100", tutar:1310, tip:"B"},
    {gmKod: "108", tutar:1000, tip:"B"}
]

let dataSum = []
data.forEach((arr)=>{
    if(dataSum.length != 0) {
        $findIndex = dataSum.findIndex(r=> (r.gmKod == arr.gmKod && r.tip == arr.tip))
        if($findIndex == -1) {
            dataSum.push(arr)
        } else {
            dataSum[$findIndex].tutar += arr.tutar
        }
    } else {
        dataSum.push(arr)
    }
    return arr
})

console.log(dataSum)

/* ÇIKTI */
[
    { gmKod: '600.18', tutar: 1500, tip: 'A' },
    { gmKod: '391.18', tutar: 270, tip: 'A' },
    { gmKod: '600.08', tutar: 500, tip: 'A' },
    { gmKod: '391.08', tutar: 40, tip: 'A' },
    { gmKod: '100', tutar: 1310, tip: 'B' },
    { gmKod: '108', tutar: 1000, tip: 'B' }
]

Sorunu çözdüm keydown kullanmak gerekiyormuş...

<input type="text" placeholder="keyDown" onkeydown="keyDown(event)" value="keyDown">
<input type="text" placeholder="keyPress" onkeypress="keyPress(event)" value="keyPress">
<input type="text" placeholder="keyUp" onkeyup="keyUp(event)" value="keyUp">

<script>
    function keyDown(event){
        if(event.keyCode == 38 || event.keyCode == 40) {
            event.preventDefault()
            console.log(event)
        }
    }
    function keyPress(event){
        console.log(event)
        if (event.keyCode == 38 || event.keyCode == 40) {
            event.preventDefault()
        }
    }
    function keyUp(event){
        if (event.keyCode == 38 || event.keyCode == 40) {
            event.preventDefault()
        }
    }
</script>

Yukarıdaki çıtkı senin verilere ulaşmanı pek sağlamaz. 4 satırdan hangisi sertifika adı hangisi tutar tespit etmen zor.
Birinci örneğimde satır ekletip indis verdirirsen ["name"=>"Sertifika 1", "amount"=>"500.5"] gibi anahtar=>değer şeklinde bir nesne oluşur.
foreach($_POST[sf] as $val) {$val["name"]."-".$val["amount"]} kullanarak değerlere ulaşabilirsin.

Birinci yöntem aslında güzel kötü tarafı indis verdirmek, belki özel bir kullanımı vardır ama ben bilmiyorum.
Şimdilik js.Jquery yardımı ile yeni satır ekletirken indis ekletilebilir.

İkinci yöntem indis vermek istemezsen yapabileceğin bir yöntem.

Birinci Yöntem

<form action="test.php" method="post">
    <div class="row">
        <input type="text" name="sf[0][name]" value="Sertifika 1">
        <input type="number" name="sf[0][amount]" value="300">
    </div>
    <div class="row">
        <input type="text" name="sf[1][name]" value="Sertifika 2">
        <input type="number" name="sf[1][amount]" value="400.50">
    </div>
    <input type="submit" value="Kaydet">
</form>
<script>
        $("#plus").on("click", ()=>{
            let indis = $("#sertifikalar").find(".row").length
            let insertRow = `<div class="row"><input type="text" name="sf[${indis}][name]" value="Sertifika 1">`
            insertRow += `<input type="number" name="sf[${indis}][amount]" value="1000.50"></div>`
            $("#sertifikalar").append(insertRow)
        })
    </script>
Array
(
    [sf] => Array
        (
            [0] => Array
                (
                    [name] => Sertifika 1
                    [amount] => 300
                )

            [1] => Array
                (
                    [name] => Sertifika 2
                    [amount] => 400.50
                )

        )

)

Bu çıktı pek hoşuma gitmedi. foreach($_POST[sf][name] as $key=>$val) ile $key yardımı ile $_POST[sf][name][$key]."-".$_POST[sf][amount][$key] kullanarak bilgilere ulaşabilirsin.

İkinci Yöntem

<form action="test.php" method="post">
    <div>
        <input type="text" name="sf[name][]" value="Sertifika 1">
        <input type="number" name="sf[amount][]" value="300">
    </div>
    <div>
        <input type="text" name="sf[name][]" value="Sertifika 2">
        <input type="number" name="sf[amount][]" value="400.50">
    </div>
    <input type="submit" value="Kaydet">
</form>
Array
(
    [sf] => Array
        (
            [name] => Array
                (
                    [0] => Sertifika 1
                    [1] => Sertifika 2
                )

            [amount] => Array
                (
                    [0] => 300
                    [1] => 400.50
                )

        )

)