Ben php hiç yazmadım ama Github'da söylediğin tarz projeleri onlarca kez gördüm. Buradan ilgili açık-kaynak projelere bakabilirsin.

CSS' satırını göremediğimden şöyle bir öneri yapacağım

    <link rel=stylesheet type=text/css href="{{ url_for('static', filename='bootstrap.min.css') }}">

statici css'inin bulunduğu klasör, filenamei de css dosyan olarak güncelleyebilirsin.