Ben localstorage de enabled veya disabled diye tutuyorum ve ona göre bir kontrol yapıp checked özelliğini true veya false yapıp o sorunu fixliyorum

if (localStorage.getItem("darkMode") === "disabled") {
    checkbox.checked = false
}
else {
    checkbox.checked 
}

Merhabalar Tayfun hocam,
https://prnt.sc/13ornvn
Ekran görüntüsünden de görebileceğiniz gibi mobildeyken profil sekmesi, menü sekmesinin arkasında kalıyor. Profil menüsü z-index olarak üstte olsa daha mantıklı bence siz ne dersiniz bilmiyorum.
Bİr diğer husus ise koyu mod seçeneğini aktif ettikten sonra başka bir sayfaya geçtiğimde tekrar açık moda geçiyor. Kullanıcının koyu mod seçeneğini localstorage'de tutup koyu modu aktif ettiğimizde tekrar açık moda geçme gibi bi durum olmaz diye düşünüyorum.