url: '/ajans/panel/include/islemler.php' ya baştaki slashı kaldır ya da nokta koy ./ajans veya ajans/ şeklinde olmalı sorun burdan kaynaklanıyor

ikincide tekrar max-heşght kullanırsan, zaten önceden max yükseliği belirttiğin için container %90 olsa bile item clasının tanımı maksimum 500px olur % ile sayfayı doldurmamasının sebebi ise içerisindeki içeriğin boyutundan kaynaklanıyor eğer içerisinde ekranın 3 katı bir içerik olsa maks olarak tanımladığın % değerlerine erişip kısıtlardı örneğin %90 ise 3 katı değil %90ı kadar olurdu yani bu durumda sadece içerik max-heighti geçiyorsa max-height görüntü uygulardı bu yüzde min kullanmalısın
<style>
.container {

max-height: 90%;
background-color: 

}

.item {

min-height: 100%;
overflow-y: auto;
background-color: red;

}
</style>
<div class="container">

<div class="item">
    
</div>

</div>

düzeltme*

$pid = intval($_POST['delete']); herhangi bir yerde kullanmadığını sonradan fark ettim en iyisi kaldır : )

// $pid = intval($_POST['id']);

$pid = intval($_POST['delete']);

iki gelen değeride pid değişkenine atamışsın ayrıca string değerlerde intval kullanmamalısın int değeleri tam sayı olarak döndürmek için kullanılır için kullanılır ayrıca id değerini yorum satırı yapmışssın 

$id = intval($_POST['id']);
$islem = $_POST['delete']; olarak dene lütfen

alert dediğin javascript. javascript ile yaparsan consolda gözükecektir kodlar, sunucu tarafında javascript ile çalışmak için nodejs kullanabilirsin ama başlangıç seviyesine hiç uygun olduğunu sanmıyorum.

1 html form ve elamanlarını (html)
2 if else yapısını (php)
3 form post etmeyi (php)
4 php ile sql sorgularını çalıştırmaya kısa bir göz at
5 php ile mysql bağlantısı kurmayı (pdo ile başla ileride kafan karışmasın)
6 session kullanımını

öğrenmen gerekiyor isteğini yapmak için

https://docs.znframework.com en detaylı anlatıma sahip, basit ve türkçe bir framework ile olan znframeworku tavsiye ederim temelden ileri seviyeye basitçe anlatımlar mevcut; videolu ve döküman olarak.

hosting firmasına destek talebi açın dizin hatası alıyorsanız onlar yönlendirir

günlerdir bakıyorum bişi yazmayım dedim, geçen birine elseif hakkında tavsiyeme agresif yaklaşınca çekindim ama yapı saçma. aynı seneryoyu üşenmedim uyguladım. böyle sonuç alman çok zor, alsan bile her aşamada normalden daha fazla kod yazman ve daha fazla işlem gerçekleştirmen gerekir.

veritabanını düzenlemeni tavsiye ederim örneğin proje_resimleri adında bir tablo aç burada

id proje_id resim şeklinde olsun

id resmin kendi idsi proje id ise projenin idsi olacak bu şekilde bir projede birden çok resim kullanabilirsin

örneğin ilk resmini ekleyeceksin ama bunu 5. proje için gerçekleştireceksin
id 1 proje_id 5 olacak

bu kullanımda ısrarcı olursan ileride sql sorgularının süreside uzayacaktır artan veriye bağlı olarak

yüksek ihtimalle son değeri alamaman ise sonunda virgül olmadığı için değişiklik gerçekleşmediğinden sonuca dahil olmuyor

https://letsencrypt.org/ ücretsiz ssl servisi sunmakta

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteCond %{SERVER_PORT} !=443
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUESTFILENAME}.php -f
RewriteRule ^(.*)$ $1.php
RewriteRule ^([0-9a-zA-Z-]+)/?$ $1.php [NC]
RewriteRule ^konu/([0-9a-zA-Z-_]+)(/?)$ index.php?do=konu&link=$1
RewriteRule ^profil/([0-9a-zA-Z-_]+)(/?)$ index.php?do=profil&id=$1
RewriteRule ^kategori/([0-9a-zA-Z-_]+)(/?)$ index.php?do=kategori&link=$1
</IfModule> düzeltme

<IfModule modrewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteRule ^konu/([0-9a-zA-Z-]+)(/?)$ index.php?do=konu&link=$1
RewriteRule ^profil/([0-9a-zA-Z-_]+)(/?)$ index.php?do=profil&id=$1
RewriteRule ^kategori/([0-9a-zA-Z-_]+)(/?)$ index.php?do=kategori&link=$1

RewriteCond &{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond &{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ $1.php
RewriteRule ^([a-z]+)/?$ $1.php [NC]

</IfModule