eğer array çok fazla dinamik değilse bu işini görür.

$html = '<?php' . PHP_EOL . PHP_EOL;
        $html .= '  $blogmenu = ['.PHP_EOL;
        foreach ($blogmenu as $key => $value) {
            $html .= "      '$key' => [".PHP_EOL;
            foreach ($value as $k => $v) {
                $html .= "          '$k' => '$v',".PHP_EOL;
            }
            $html .= "      ]".PHP_EOL;
        }
    $html .= '  ];?>';
        file_put_contents('veriler.php', $html);

$html = '<?php' . PHP_EOL . PHP_EOL;
        $html .= '$blogmenu = '. print_r($array, TRUE);
    $html .= '?>';
        file_put_contents('veriler.php', $html);

->where_in yerine ->where kullan dediğin gibi where içinde kullanılıyormuş.

FIND_IN_SET içerisinde = kullanmışım yanlışlıkla orayı , ile değiştirip denseydin.

FIND_IN_SET i join içerisinde kullansan.codeignatir ı bilmiyorum ama aklıma başka bişey gelmedi.
->join('kategoriler',"FIND_IN_SET('konular.katid,kategoriler.kategori_id')","inner")

böyle bir sorgu işini görür gibi.

SELECT Konular.*, GROUP_CONCAT(Kategoriler.kategoriadi) AS kategoriadi, GROUP_CONCAT(Kategoriler.id) AS kategoriid FROM Konular INNER JOIN Kategoriler ON FIND_IN_SET(Kategoriler.id, Konular.katid) WHERE Konular.id = $id GROUP BY Konular.id;

tayfun hocanın bu dersini gördünmü bilmiyorum ama işine yarayabilir.
https://www.youtube.com/watch?v=MQoXH9yNUyo

GoogleAuthenticator olayını bilmiyorum.Ama $_POST tan gelen veriyi kontrolsüz bir şekilde sorguda kullanıyorsan açık oradan kaynaklanıyordur.
Owasp Zap ile site üzerinde zafiyet taraması yapabilirsin.

$ara = ltrim($ara, ',');
$ara = rtrim($ara, ',');
$parcala = explode(",",$ara);
    $sor = "SELECT * from tbl_urun_stok WHERE SatisTipi = 1 and UrunDurum = 1 AND (";
    for ($i=0; $i < count($parcala)-1 ; $i++) {
        $sor .="Keywords LIKE '%$parcala[$i]%' OR ";
    }
    $sor .= "Keywords LIKE '%$parcala[$i]%')";
    echo $sor;
    
$sorgu=$db->prepare($sor);
$sorgu->execute();

+ ile olduğunda explode nedense çalışmıyor.+ yerine , veya başka bişey kullanın.
$_GET ile gelen değerin başında veya sonunda , olursa sorguyu bozmaması için ltrim ve rtrim ile temizleyin.$sorgu->execute(); bu kısımda tekrar $ara değişkenini kullanmanıza gerek yok.

tayfun hocanın ders videosunda aynı şey olmuştu istersen ordan bakarak cevabı bulabilirsin.
https://youtu.be/NyyqzGxBmcE?t=959