Sorunu kısa sürede str_replace() ile kökten çözdüm 😅

function transliterateTurkishChars($inputText) {
    $search  = array('\u00e7', '\u00c7', '\u011f', '\u011e', '\u0131', '\u0130', '\u00f6', '\u00d6', '\u015f', '\u015e', '\u00fc', '\u00dc');
    $replace = array('ç', 'Ç', 'ğ', 'Ğ', 'ı', 'İ', 'ö', 'Ö', 'ş', 'Ş', 'ü', 'Ü');
    $outputText=str_replace($search, $replace, $inputText);
    return $outputText;
}

# Örnek kullanımı
$text = base64_decode('bWVyaGFiYSBkw7xueWEh'); # Merhaba dünya!
echo transliterateTurkishChars($text);

Umarım başkalarının da işine yarar. İyi forumlar

Hocam merhaba geç dönüş için kusura bakmayın @bilinmez1i

Öncelikle çok teşekkür ederim bu method aklıma gelmemişti ve gerçekten işe yarayacağına eminim.
Birkaç problem var umarım istişare edip çözümleyebiliriz.

Dediğiniz yöntemi uyguladığım zaman base64_decode ile çıktı bu şekilde oluyor:

Gördüğünüz üzere Türkçe karakter sorunum var 😕 
Ben araştırmaya ve denemeye devam edeceğim. Aklınıza bir çözüm gelirse dinlemekten mutluluk duyarım. İyi akşamlar